La Scuola Superiore di Catania viene istituita nel 1998, a titolo sperimentale, quale centro di Alta Formazione Universitaria sul modello della Scuola Normale Superiore di Pisa, a seguito di un Accordo di programma
tra il MURST (oggi MIUR) e l' Università degli Studi di Catania, per offrire a studenti universitari
didattica integrativa e a giovani laureati percorsi formativi di elevata specializzazione e qualificazione.

In seguito a tale Accordo di programma, il 20 marzo 1999, l'Università degli Studi di Catania si costituisce in un Consorzio con enti pubblici (Regione Siciliana, Provincia e Comune di Catania), con aziende private
(STMicroelectronics) e l'Accademia Gioenia.
Il Consorzio, denominato Istituto Superiore di Catania per la Formazione di
Eccellenza, attualmente promuove e gestisce le attività della Scuola.

All'iniziativa hanno aderito l'Università degli Studi di Messina, l'Ordine dei Dottori Commercialisti di Catania e l'Osservatorio Astrofisico di Catania.

Ad oggi sostengono l'iniziativa della SSC, prestigiose istituzioni scientifiche quali l'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare, aziende, istituti di credito e Enti territoriali. Tale partecipazione si concretizza attraverso collaborazioni scientifiche, disponibilità per l'utilizzazione di strutture per gli stage e borse di studio, assicurando il necessario
collegamento con realtà imprenditoriali tecnologicamente avanzate nazionali e internazionali.

Il 26 gennaio del 2000 la Scuola, sottoscrive un accordo di collaborazione con la Scuola Normale Superiore e la Scuola Sant'Anna di Pisa, la SISSA di Trieste, l' ISUFI di Lecce e lo IUSS di Pavia, per dar vita a una Rete
Nazionale di Scuole Superiori.

Scopo della Rete è quello di realizzare progetti pilota di formazione e di ricerca che tengano conto di una visione unitaria dell'Alta Formazione, pur all'interno delle specificità e peculiarità delle singole scuole.

Nell'agosto del 2004 la Scuola viene formalmente istituita all'interno dell' Università di Catania, ai sensi dell'art.22 del D.M. 5 agosto 2004 prot. n.262/2004.